สาเหตุเกิดจากเชื้อรา Ustilago scitaminea เชื้อโรครานี้ อาศัยอยู่ได้ในทุกส่วนของต้นอ้อย ติดอยู่กับตอเก่า และอาจจะติดกับท่อนพันธุ์ที่นำมาปลูก และสามารถระบาดได้โดยการที่ ผงสปอร์จาก อ้อยที่เป็นโรคแส้ดำ ปลิวไปติดต้นอื่นๆ โรคแส้ดำ เข้าทำลายอ้อย ลดผลผลิต หรืออ้อยอาจจะตายได้

ลักษณะอาการ

ส่วนยอดจะดูเป็นก้านแข็งยาว  คล้ายๆแส้สีดำ ในส่วนของตออ้อย ถ้าเป็นโรคนี้รุนแรงจะแตกหน่อมาก แคระแกรน ดูคล้ายกอตะไคร้ ยอดทุกยอดจะดูเป็นแส้สีดำ จากนั้นจะแห้งตายทั้งกอผลผลิตจะลดลงมาก ในตอถัดไป อ้อยพันธุ์ต้านทานโรคที่ปลูก ปีแรกอาจจะมีอาการแส้ดำเพียงบางยอด การเติบโตปกติ ส่วนพันธุ์ที่อ่อนแอต่อโรคจะมีอาการลำต้น ผอมเรียว ใบเล็กแคบยาวคล้ายต้นหญ้าพง จำนวนลำให้ผลผลิตน้อยมาก ความเสียหายและความรุนแรงของโรคจะเพิ่มมากขึ้นในอ้อยตอ รุ่นต่อไป หากไม่เร่งรักษา

การป้องกันและกำจัด

1. ไถแปลงอ้อยตอที่เป็นโรครุนแรง เพื่อป้องกันไม่ให้เป็นแหล่งของเชื้อแพร่ระบาดต่อไปในอ้อยปลูก
2. ปลูกพันธุ์อ้อยที่ต้านทาน และหากอยู่ในพื้นที่เป็นโรครุนแรง ควรหลีกเลี่ยงการปลูกอ้อยพันธุ์อ่อนแอ
3. ปลูกอ้อยด้วยท่อนพันธุ์อ้อนที่สมบูรณ์ ไม่เป็นโรค เนื่องจากโรคแส้ดำสามารถถ่ายทอดผ่านทางท่อนพันธุ์ได้
4. แช่ท่อนพันธุ์อ้อยในสารป้องกันกำจัดโรคพืช