เกษตรกรต้องเข้าใจว่าการควบคุมโดยวิธีชีวภาพเป็นวิธีที่ใช้สิ่งมีชีวิตควบคุมสิ่งมีชีวิต การออกฤทธิ์ในการควบคุมโรคจะไม่รวดเร็วเท่าการใช้สารเคมีป้องกันกำจัดโรคพืช สภาพแวดล้อมที่ใช้ต้องมีความเหมาะสมต่อชีวภัณฑ์ เช่น ไม่พ่นในช่วงที่มีอากาศร้อน แสงแดดแรง ฝนตกชุก หรือแล้งจัด เป็นต้น

ความจำเพาะเจาะจง เนื่องด้วยเชื้อจุลินทรีย์ปฎิปักษ์แต่ละชนิดหรือสายพันธุ์มีความเจาะจงกับเชื้อสาเหตุโรคพืชที่ต่างกันซึ่งจะมีการระบุไว้ที่ผลิตภัณฑ์ว่าสามารถควบคุมโรคพืชชนิดใดได้บ้าง การวินิจฉัยเชื้อสาเหตุโรคที่ถูกต้องจึงมีความสำคัญที่จะทำให้เราสามารถเลือกใช้เชื้อจุลินทรีย์ปฎิปักษ์ได้ตรงตามประสิทธิภาพ  

ตัวอย่างเช่น เชื้อรา Trichoderma asperellum จะมีประสิทธิภาพดีกับเชื้อราสาเหตุโรคพืชในดิน เช่น Pythium sp., Phytophthora sp., Rhizoctonia sp.หรือ Sclerotium sp. เป็นต้น

ระดับความรุนแรงของโรคที่จะทำการควบคุมจะต้องมีความเหมาะสม  ถ้าอาการโรคมีความรุนแรงมากจะทำประสิทธิภาพของควบคุมโดยชีววิธีไม่ได้ผล  การควบคุมโดยชีววิธีจะต้องเน้นที่การใช้แบบป้องกันก่อนการเกิดโรคหรือที่มีอาการโรคไม่รุนแรงจึงจะมีประสิทธิภาพ และจะต้องมีความถี่ในการใช้ที่ต่อเนื่องสม่ำเสมอ

วิธีการใช้ชีวภัณฑ์ต้องมีความสัมพันธ์กับนิเวศน์วิทยาของเชื้อสาเหตุโรคอยู่อาศัย หรือ ส่วนของพืชที่เข้าทำลาย เช่น

4.1 เชื้อโรคเข้าทำลายที่ระบบรากหรืออาศัยอยู่ในดิน วิธีการใช้ได้แก่ การคลุกเมล็ด การราดดิน การคลุกดิน หรือการจุ่มราก เป็นต้น

4.2 เชื้อโรคเข้าทำลายหรืออาศัยอยู่บริเวณผิวพืชอยู่เหนือดิน เช่น กิ่ง ก้าน ใบ ลำต้น วิธีการใช้ได้แก่ การทา หรือ การพ่น 

ควรศึกษารายละเอียดของชีวภัณฑ์ที่ใช้เข้าใจก่อนนำไปใช้ เช่น อัตราการใช้ อายุในการเก็บรักษา วิธีการเก็บรักษา และความเข้ากันได้กับสารเคมีป้องกันกำจัดโรคพืชหรือชีวภัณฑ์อื่น เป็นต้น

แหล่งที่มาของผลิตภัณฑ์ต้องเชื่อถือได้ เช่น จากหน่วยราชการ มหาวิทยาลัย หรือบริษัทเอกชนที่ผ่านการจดทะเบียนรับรองจากหน่วยราชการ มิฉะนั้นจะได้ผลิตภัณฑ์ที่ควบคุมโรคจะไม่ได้ผล