ช่วงนี้สภาพอากาศเข้าสู่ฤดูฝนทำให้มีฝนตกในหลายพื้นที่ ซึ่งถ้าเกิดฝนตกภายหลังเกษตรกรทำการพ่นสารป้องกันกำจัดศัตรูพืชจะทำให้มีผลกระทบต่อประสิทธิภาพของสารป้องกันกำจัดศัตรูพืชบางชนิดได้  โดยทั่วไปเกษตรกรควรหลีกเลี่ยงการใช้สารป้องกันกำจัดศัตรูพืชเมื่อมีความน่าจะเป็นที่ฝนจะตก อย่างไรก็ตามในบางครั้งเกษตรกรไม่สามารถคาดเดาสภาพอากาศได้ ดังนั้นจึงควรเลือกใช้ผลิตภัณฑ์ที่มีระยะเวลาปลอดฝน (rainfastness) ที่สั้น หรือการใช้สารเสริมประสิทธิภาพ (adjuvants) เพื่อช่วยการดูดซึมหรือยึดจับกับผิวพืชได้ดีขึ้น

ปัจจัยที่ทำให้ประสิทธิภาพของสารป้องกันกำจัดศัตรูพืช นอกจากจะขึ้นอยู่กับชนิดของสารแล้วยังมีปัจจัยจากสภาพแวดล้อมต่างๆ ที่เกี่ยวข้อง เช่น เมื่อเราพ่นสารให้กับต้นพืชในช่วงฤดูฝน จะมีปัจจัยที่สำคัญที่จะส่งผลต่อประสิทธิภาพของสาร ได้แก่ ระยะเวลาปลอดฝน (rainfastness) ภายหลังพ่นสาร  โดยน้ำฝนจะมีผลกระทบต่างๆ ต่อสารป้องกันกำจัดศัตรูพืชที่เกษตรกรพ่น เช่น
– ทำให้สารถูกชะล้างออกจากผิวพืช โดยเฉพาะช่วงเวลาภายใน 24 ชม. หลังการพ่นสาร
– ทำให้สารที่พ่นมีความเข้มข้นที่เจือจาง
– ทำให้สารออกฤทธิ์เกิดการกระจายตัวไปยังจุดอื่น (สารเกิดการไหลออกจากส่วนเป้าหมายของพืชที่พ่น)
– ทำให้สารที่พ่นไปแล้วถูกสกัดออกมากับน้ำฝน (น้ำฝนที่ค้างตามผิวพืชอาจจะทำละลายสารออกมาได้)

ทั้งนี้ผลกระทบของสารป้องกันกำจัดศัตรูพืชจากน้ำฝนข้างต้นจะขึ้นกับปัจจัยต่างๆ เช่น
– ระยะห่างเวลาที่ฝนตกภายหลังจากจากการพ่นสาร
– ปริมาณน้ำฝนที่ตก ปริมาณน้ำฝนที่ตกลงมาจะมีความสำคัญมากกว่าเวลาที่ฝนตก
– สูตร (formulation) ของสารป้องกันกำจัดศัตรูพืช สารที่มีสูตรผง (dust, D) หรือผงแขวนลอยในน้ำ (wettable powder, WP) จะถูกชะล้างได้ง่ายจากน้ำฝน
– คุณสมบัติของพื้นผิวพืชเป้าหมายที่พ่นสารป้องกันกำจัดศัตรูพืช (ชะล้างได้ยากหรือง่าย
– การใช้งานของสาร เช่น พ่นทางใบ หรือ พ่นทางดิน เป็นต้น สารที่พ่นทางดินจะได้รับผลกระทบน้อยกว่าสารที่ใช้พ่นทางใบ  โดยทั่วไประยะปลอดฝนจะไม่มีผลต่อสารกำจัดวัชพืชประเภทยาคุม ซึ่งใช้พ่นคลุมผิวดินก่อนที่เมล็ดวัชพืชจะงอก